Исследование митогенетических сигнальных путей в клетке у онкологических больных с помощью программного комплекса OncoFinder
Рубрика: Генетика Тип статьи: Оригинальная статья
Авторы: Корзинкин М.Б., Смирнов Ф.Ю., Венкова Л.С., Крупнов А.В., Кузьмина Н.Б., Жестков Б.Г., Иванова Е.Н., Буздин А.А., Борисов Н.М.
Организация: ФГБУ «Государственный научный центр Российской Федерации — Федеральный медицинский биофизический центр им. А. И. Бурназяна Федерального медико-биологического агентства», , Институт биоорганической химии РАН им. М. М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова
Хотя основные участники множества митогенетических, про- и антиапоптотических и др. сигнальных путей в клетке подробно исследовались в последние десятилетия, конкретные патологические изменения в этих сигнальных путях у индивидуальных раковых больных до настоящего времени исследованы не были. В данной статье мы предлагаем новый метод исследования влияния онкологического заболевания на интенсивность про- и антимитотических сигналов. В рамках этого подхода биоптат злокачественной опухоли индивидуального больного сначала исследуют с помощью микрочипового анализа мРНК, определяя относительные (по сравнению с нормой для аналогичной ткани / органа в аналогичной популяции) уровни экспрессии нескольких тысяч генов. Затем вычисляют и анализируют уровни патологических изменений в десятках митогенетических сигнальных путей.
Литература:
1. Таргетная терапия рака молочной железы (новые направления) / В.Ф. Семиглазов, ГА. Дашян, В. В. Семиглазов [и др.]//Фарматека. 2011. №7. С. 14-20;
2. Жуков Н.В., Тюляндин С. А. Целевая терапия в лечении солидных опухолей: практика противоречит теории // Биохимия. 2008. Т. 73. № 5. С. 751-768;
3. Giezen T.J., Mantel-Teeuwisse А. К., Strauss S., Schellekens Н. Safety-related regulatory actions for biologicals approved in the United States and the European Union // JAMA. 2008. Vol. 300. P. 1887-1896;
4. Bustin S. A. Absolute quantification of mRNA using realtime reverse transcription polymerase chain reaction assays // Journal of Molecular Endocrinology. 2000. Vol. 25. P. 169-193;
5. Studencki А. В., Conner B.J., Impraim C.C., Teplitz R.L., Wallace R. B. Discrimination among the human beta A, beta
S, and beta C-globin genes using allele-specific oligonucleotide hybridization probes//Am. J. Hum. Genet. 1985. Vol. 37. P. 42-51;
6. Suppression subtractive hybridization: a method for generating differentially regulated or tissue-specific cDNA probes and libraries / L. Diatchenko, Y. Lau, A. Campbell [et al.] // Proc. Natl. Acad.Sci. USA. 1996. Vol. 93. P. 6025-6030;
7. Enzymatic production of RNAi libraries from cDNAs / D. Shirane, K. Sugao, S. Namiki [et al.] // Nature Genetics. 2004. Vol. 36. P. 190-196;
8. Black D. L. Mechanisms of alternative pre-messenger RNA splicing // Annual Reviews of Biochemistry. 2003. Vol. 72. P. 291-336;
9. Targeted capture and massively parallel sequencing of 12 human exomes / S. B. Ng, E. H. Turner, P. D. Robertson [et al.] // Nature. 2009. Vol. 461. P. 272-276;
10. Scaffolding protein GAB1 sustains epidermal growth factor-induced mitogenicand survival signaling by multiple positive feedback loops/A. Kiyatkin, E. Aksamitiene, N.I. Markevich [et al.]//J. Biol. Chem. 2006. Vol. 281. P. 19925-19938;
11. Systems-level interactions between insulin-EGF networks amplify mitogenic signaling/N. Borisov, E. Aksamitiene, A. Kiyatkin [et al.] // Mol. Syst. Biol. 2009. Vol. 5, article number 256;
12. Kuzmina N.B., Borisov N.M. Handling complex rule-based models of mitogenic cell signaling (On the example of ERK activation upon EGF stimulation) // Intl. Proc. Chem. Biol. Envir Engng. 2011. Vol. 5. P. 76-82;
13. SABiosciences, a Qiagen company. URL: http://www.sabiosciences.com/pathwaycentral.php (дата обращения: 20.11.2013);
14. GEO Profiles, a National Center of Biotechnology Information database. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ geoprofiles/(дата обращения: 20.11.2013);
15. Cell line derived multi-gene predictor of pathologic response to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer: a validation study on US Oncology 02-103 clinical trial / K. Shen, Y Qi, N. Song [et al.] // ВМС Med. Genomics. 2012. Vol. 4, article number 51;
16. Seventeen-gene signature from enriched Her2/Neu mammary tumor-initiating cells predicts clinical outcome for human HER2+ERa-breast cancer/J. С Liu, V Voisin, G D. Bader [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Vol. 109. P. 5832-5837;
17. Van der Kogel A., Joiner M. Basic Clinical Radiobiology Fourth edition. Oxford university press, 2009;
18. New specific molecular targets for radio-chemotherapy of rectal cancer / K. Snipstad, С G Fenton, J. Kjaeve [et al.] // Mol. Oncol. 2010. Vol. 4. P. 52-64.
Прикрепленный файл | Размер |
---|---|
2013_04-01_775-780.pdf | 587.19 кб |